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O Portão Gehenna artificial se abriu completamente, jogando o mundo material de Assiah no caos total, já que muitos humanos começaram a ver demônios. Em meio a tudo, Yukio deixa os Cavaleiros da Vera Cruz e se dirige para os Illuminati. Rin decide que ele deve descobrir o segredo de seu nascimento. Ele embarca em uma jornada de 40 anos no passado com a orientação de Mephisto. Rin testemunha o encontro predestinado entre dois indivíduos - um órfão que vive em uma fábrica abandonada chamada Yuri e uma cobaia da Seção 13 chamada Shiro.