SPOILER ALERT
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Shinji é resgatado a tempo e agora o alvo do Angel é a central da NERV. Recuperado, Shinji é intimado a fazer parte de uma operação de emergência ao lado de Rei para conter o ataque do Angel, mas ele está sem confiança em si e com medo. Mesmo assim encara a missão e detona o invasor usando o super-rifle Positron JSSDF Fx-1.