SPOILER ALERT
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Maebara Keiichi muda-se para uma aldeia chamada Hinamizawa e faz amizade com quatro meninas - Rena Ryuugu, Mion Sonozaki, Satoko Hojo e Rika Furude. Ele se junta a um grupo já formado por elas, onde jogam depois da escola. A sua estadia é tranquila até que um homem chamado Tomitake desperta suas suspeitas sobre um assassinato no passado de Hinamizawa. Também ouve sobre um projeto que buscava construir uma barragem na aldeia proposto pelo governo há cinco anos, que terminou em protestos.