SPOILER ALERT
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Shinji começa sua nova vida após mudar-se para o apartamento de Misato. O garoto tímido começa o seu treinamento para piloto do EVA 01, além de voltar às aulas em uma nova escola. Tantas mudanças só serviram para deixar Shinji se sentindo ainda mais só e, apesar disso, ele encontra forças para encarar mais uma batalha. A bordo do Eva 01, Shinji vence o 4º Angel (Shamshel).