Yamato explica a Naruto e Sakura os planos de Danzou: ele quer unir forças com Orochimaru para destruir a organização atual da Vila da Folha e se tornar Hokage, sendo aliado da Vila do Som. Após isto, Yamato chama Sakura e Naruto (ainda feridos pela batalha) para que persigam Orochimaru: em se tratando dele, não haveria segunda chance, a próxima vez que fosse visto poderia ser na destruição da vila. Yamato depara-se com um corpo falso de Sai, e percebe que precisará ser mais cauteloso, pois Orochimaru descobriu estar sendo seguido. Então, após perceber que Sakura não contava à Naruto a verdade que havia acontecido, sempre eliminando dele a culpa pela destruição (e por atingi-la no braço), Yamato chama Naruto à parte e lhe conta que foi ele que a machucou. Naruto fica chocado.