Concluindo a invasão que começou no episódio anterior, Rafael e Casey ficam pasmados com Kraang Prime quando torna várias pessoas mutantes. Rafael conta o plano dos Kraang de transformar a Terra numa nova Dimensão X. Donnie, Micas, April e Kirby continuam em casa, estando atentos às notícias. Splinter derrota Kraang Sub-Prime (antiga Irma), e vagueia pelos esgotos, onde encontra Cabeça-de-Couro (resgatado da dimensão X no episódio 24) que promete ajudá-lo. Leonardo continua a combater as tropas de Shredder, vencendo com muita dificuldade. Garra-de-Tigre, Cabeça-de-Peixe e Rahzar lutam com o Leonardo, que exausto continua a combatê-los. Shredder aparece atrás dele e fere-o gravemente. As tropas dele descobrem que as outras tartarugas estão em casa da April e dirigem-se para lá. Quando Shredder sai do local de batalha, ele encontra Splinter. Depois de uma batalha intensa, Cabeça-de-Couro é atirado para um esgoto, deixando o seu futuro e a sua condição incertos, e Splinter e Shredder caem num local subterrâneo. Depois de despistarem Kraang Prime, Rafa e Casey chegam a casa da April, e nesse peciso instante, o corpo de Leonardo passa pela janela (partindo-a claro), inconsciente. As tropas de Shredder avisam-nos para lutarem. As tartarugas fogem e vão para a a antiga carrinha de Kirby, que se torna num novo mutante, agora parecido com uma criatura da dimensão X. Casey leva as tartarugas para o esgoto, onde elas irão buscar algo importante, para fugirem de Nova Iorque, enquanto ele (com Leonardo, inconsciente, atrás) procura pela família. April sente Splinter, e ela e as tartarugas vão para o local. Elas veem uma batalha entre Splinter e Shredder no outro lado de uma grades (o que não os permitia interromper). Splinter ganha, aparentemente, mas Shredder aparece por trás e pões-no inconsciente. De seguida, atira-o para uma poça de água no esgoto com uma corrente, afogando Splinter. Rafa chama Shredder um monstro, mas Micas alcama-o. Eles apercebem-se que não podem fugir e têm de acabar aquilo agora. As tartarugas vão no Turtle-Mech até ao lar do Shredder, mas Kraang Prime interrompe-os. Com as esperanças em baixo, Casey aparece com a carrinha e salva as tartarugas. Com Leonardo inconsciente, Splinter aparentemente morto, Nova Iorque dominada pelo Shredder e pelos Kraang, com o pai de April mutante outra vez, com Cabeça-de-Couro desaparecido e sem pistas de onde Karai possa estar, Rafa, Donnie, Micas, Casey e April decidem retirar-se e ir para uma casa numa quinta que pertence à família da April (mas que não vive lá ninguém) para recuperarem. As tartarugas aceitam, enquanto Micas sente saudades do Mestre Splinter. Nesse preciso momento, Karai (agora uma serpente mutante) salva Splinter. Vê se ele respira, e quando ele expira (ou seja, quando Splinter dá sinais de estar vivo) Karai volta para a água, deixando-o ali a recuperar. O episódio acaba em cliffhanger.
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