Uma organização secreta, chamada Mithril, tenta impedir um terrorista conhecido como Gauln, de conseguir aprisionar os "Whispered", pessoas que conhecem e experimentam visões onde lhes são mostradas tecnologias (Black Technology, no Brasil adaptado para "Tecnologia Obscura") acima do nosso tempo (uma espécie de super-dotados), dando assim, poder para quem conseguir obter as informações de dentro de suas cabeças. É aí que entram os personagens principais. O Sargento Sousuke Sagara, o protagonista, junto com dois de seus camaradas, tem que se infiltrar na escola de Kaname Chidori e impedir a sua captura pela organização de Gauln. Isso é apenas o começo da série, que segue assim até o oitavo episódio, após o quê outras coisas entram em questão, tendo até um episódio onde Chidori não é mencionada, e concentrando-se inteiramente ao redor dos colegas militares e sua base submarina.
Temporada 1: Full Metal Panic!
Temporada 2: Full Metal Panic? Fumoffu
Temporada 3: Full Metal Panic!: The Second Raid
