SPOILER ALERT
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Mais uma vez, Kaitou Kid tem um alvo em mente: a Mãe de Cristal, o maior topázio da Europa de propriedade da Rainha Selizabeth do Principado de Ingram. Ele pretende roubar esta joia enquanto a rainha está presa em um trem de Tóquio para Osaka. No entanto, as habilidades de Kid são postas à prova, pois a Rainha já escondeu a joia em algum lugar a bordo do trem.
Conan Edogawa, que está entre os passageiros do trem, suspeita de um ataque do ladrão fantasma e começa a investigar por conta própria, enquanto o inspetor Ginzou Nakamori está pronto para um novo confronto contra o indescritível ladrão de joias.