Na segunda parte da história, que começa imediatamente após o final da primeira parte, mas se estende para os próximos dez anos, Tomoya e Nagisa vivem juntos como uma família. Tomoya tem de suportar várias dificuldades que a família vem sofrendo, principalmente envolvendo a doença de Nagisa. Logo após dar à luz a sua filha Ushio, Nagisa morre, deixando Tomoya em um estado de depressão. Isso faz com que os pais da Nagisa, Akio e Sanae fiquem cuidando de Ushio. Cinco anos mais tarde, Tomoya conhece Shino Okazaki, sua avó paterna. Shino explica a Tomoya sobre o passado de seu pai e da tragédia, semelhante à situação atual de Tomoya após a morte de Nagisa. Depois de ouvir isso, Tomoya decide criar Ushio Naoyuki e assumir o dever de pai. Pouco depois Tomoya recupera seu propósito de vida, mas Ushio é pega com a mesma doença que Nagisa. Tomoya, Sanae e Akio lutam para salvar Ushio, com Tomoya se aposentando de seu trabalho, mas todos os esforços são inúteis. No Inverno seguinte, querendo fazer alguma coisa por Ushio, Tomoya decide levar Ushio em uma viagem, mas Ushio cai inconsciente e morre pouco depois. O psicológico de Tomoya é desenvolvido em seus sonhos de um mundo sombrio, onde pequenas esferas de luz flutuam em torno do chamado mundo ilusório. Nos primeiros sonhos, ele vê um mundo desprovido de toda a vida, exceto por uma garota(e grama). Cada vez que ele sonha, ele descobre mais sobre esse mundo. Tomoya descobre que a garota tem uma habilidade especial para fundir lixo criar coisas novas, com a qual ela cria um corpo para ele. Assim, ele renasce neste mundo, e passa todo o seu tempo seguindo a menina. Tomoya acredita que somente os dois estão "vivos". Para passar o tempo, Tomoya e a garota tentam construir outra boneca com mais lixo que encontram, mas como ela não tem alma, ela não consegue ganhar vida. Lembrando-se do mundo distante de onde ele veio, Tomoya convence a garota a construir um navio para que os dois possam escapar do inverno que se aproxima e continuar uma vida feliz. Eventualmente, o inverno começa, e a menina se torna fria a ponto de não poder se mover mais. Após passar por essa tragédia, a menina diz a Tomoya que ele tem outra chance de voltar e fazer as coisas direito. Para fazer isso, ele deve recolher algumas "luzes" (símbolos de felicidade),similares aos flutuando ao redor do mundo ilusório. Se todas as "luzes" forem coletadas ao longo de ambas as partes da história, uma chance de salvar Nagisa de morrer no parto se tornará possível, e o verdadeiro fim onde Nagisa sobrevive e vive com Tomoya e Ushio, sua filha, também se torna possível.
Temporada 1: Clannad
Temporada 2: Clannad After Story
