SPOILER ALERT
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O coronel Abe Ellis chega em Atlantis com uma nova nave terráquea, a Apollo, e uma nova missão. A Dra. Weir tem dúvidas quanto a missão, acreditando que ela pode iniciar uma guerra com um inimigo muito poderoso. Quando a missão dá errada, Wier precisa tomar uma atitude radical para salvar Atlantis.