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A missão do major-general Jack O'Neil de defender Atlantis falha quando ele e Richard Woolsey são feitos prisioneiros durante um ataque dos replicantes na cidade. A equipe de Sheppard, a Dra. Weir e o Dr. Carson roubam um puddle jumper do Comando Stargate na Terra e voltam à galáxia Pegasus com um plano para retornar Atlantis.